Der der Gemeinde den Namen gegebene Ort wird urkundlich erstmals in einer Urkunde des Klosters Broda von 1365 als Kirchdorf Oldenhagen genannt. Im 16. Jahrhundert verschmolz die Bezeichnung "zum Oldenhagen" zu Möllenhagen. Den Umlaut haben die Schreiber hinzugefügt, da sie an eine Mühle (nd. Moehl) dachten.

Möllenhagen war von der Mitte des 16. Jahrhunderts bis 1734 im Besitz der Familie von Holstein, danach war das Gut bis 1831 im Besitz der Familie Le Fort. Später wechselten die Besitzer häufiger. 1717 war in der Möllenhagener Hölzung eine Glashütte entstanden, für die ein Konsens bis 1729 erteilt worden war.

Das von dem Schweriner Grafiker Heinz Kippnick entworfene und am 30.01. 2003 vom Innenministerium Mecklenburg- Vorpommern genehmigte Wappen zeigt im gespaltenen Schild vorn in Rot einen links gewendeten Flügel; hinten in Gold zwei schräg gekreuzte blaue Rodehacken, überhöht von einem blauen Mühlstein. Der Flügel steht für die artenreiche Tierwelt der Umgebung, insbesondere für die Kraniche. Gleichzeitig soll mit den Flügelfedern von der Zahl her auf die Anzahl der Ortsteile verwiesen werden.
Mit dem Mühlrad und den Rodehacken soll der bildliche Bezug zu dem seit dem 16. Jh. geführten Ortsnamen Möllenhagen hergestellt werden, wobei die Rodehacken auf den Namensbestandteil "hagen" hindeuten und dem im Zuge des deutschrechtlichen Landausbaus durch Rodung von Waldflächen neu geschaffenen Ort verweisen.
Die Tingierung des Wappens in Blau, Gold, und Rot kennzeichnet die Zugehörigkeit der Gemeinde zum Landesteil Mecklenburg.

Quelle: Hans-Heinz Schütt, Heimatkurier 18.08.2003